古代制造酱油时制曲完全依靠曲房、工用具及环境中存在的霉菌孢子自然生长繁殖，因为控制条件较适宜于米曲霉生长，所以制得的成曲为黄绿色，俗称“黄子”，其中夹杂着根霉、毛霉、青霉、犁头霉等菌体，实际是多菌种制曲。但缺点是由于季节气候及温湿度管理上的差异，使各种霉菌所占有的比例每批间难以保持一致，甚至相差悬殊，致使成品质量不稳定。

现代工艺以种曲代替了自然培养，经历了纯种制曲（纯米曲霉）与多菌种制曲的阶段。目前采用最多的制曲方法是米曲霉与黑曲霉双菌种制曲。

在酱油可以工业化生产之后，为了规范酱油的质量控制，国家制定了酱油的食品标准。

传统酱油的取油方式为在酱醅成熟后，在酱醅中插入一竹编的圆筒，从中抽提酱汁，称抽油。如此得到的酱油可直接食用，也有依据各地区人们的不同口味，添加甜味剂、助鲜剂和增色剂等再食用的。

因此，依据各地的酱油实际情况，目前有关酱油的食品标准有三份：酿造酱油（GB 18186-2000）、配制酱油（SB/T 10336-2012）与酱油卫生标准（GB 2717-2003）。

酱油的指标有多项，而酱油因生产周期长，影响产品质量的因素较多，造成每批生产的酱油质量并不稳定一致，各项指标每批产品均有差异。对这一点，古人无能为力，只有坦然接受，而现代人则选择了对每批生产的酱油进行适当的配兑以达到统一质量的酱油产品。

因此，所有的酱油均是经过配兑的，并不是只有配制酱油是配兑的。配制酱油的标准中规定其中用于配制原料的酿造酱油含量（以全氮计）不得少于50%。

由于酱油本身对病原菌具有一定的杀菌效果，酱油中通常不会存在致病菌。但是为了防止酱油生白与二次发酵，可以按照GB2760食品安全国家标准《食品添加剂使用标准》的相关规定合理使用防腐剂。常用的防腐剂有苯甲酸、苯甲酸钠、山梨酸、山梨酸钾、对羟基苯甲酸酯类、脱氢醋酸、维生素K类、丙酸及其盐类、乳酸等。

酱油中的添加剂还会有鲜味剂、助鲜剂、甜味料、焦糖色、香辛料等。

鲜味剂一般就是味精（谷氨酸钠），也有用酵母精的。酵母精是采用高RNA鲜面包酵母，用现代生物工程技术精制而成的高科技生化产品，富含氨基酸、核苷酸、肽类化合物、B族维生素及微量元素等，是一种营养型功能性的新型食品添加剂。

常用助鲜剂有肌苷酸（IMP）、鸟苷酸（GMP）、植物水解蛋白（HVP）等。

甜味料常用的有砂糖、饴糖及甘草。